Participa el CRG de Barcelona
BARCELONA, 23 Jul. –
Un equipo internacional de investigadores ha ampliado el catálogo de la variación genética humana tras la resecuenciación de 1.019 genomas. Los datos resultantes, compartidos en dos publicaciones en Nature, constituyen «lo que puede ser la visión general más completa del genoma humano hasta ahora».
El primer trabajo, liderado conjuntamente por el EMBL, la Universidad Heinrich Heine de Düsseldorf (Alemania) y el CRG de Barcelona, analizó los genomas de 1.019 personas procedentes de 26 poblaciones de los cinco continentes.
El equipo analizó las variantes estructurales en el genoma humano, grandes fragmentos de ADN que han sido eliminados, duplicados, insertados, invertidos o mezclados, y encontró más de 167.000 variantes estructurales en las 1.019 personas, duplicando la cantidad conocida de variación en el pangenoma humano, que agrupa el ADN de muchas personas.
El coautor principal del estudio, Bernardo Rodríguez Martín, ha asegurado que encontraron «un tesoro oculto de variación genética en estas poblaciones, de las cuales muchas estaban sobrerrepresentadas en series de referencia anteriores: el 50,9% de las inserciones y el 14,5% de las deleciones no se reportaron en catálogos anteriores».
Casi tres de cada cinco (59%) de las variantes descubiertas se dieron en menos del 1% de las personas, un nivel de rareza crucial para el diagnóstico de enfermedades genéticas, pues ayuda a filtrar variaciones inofensivas de manera más efectiva.
Rodríguez Martín comenzó a trabajar en el proyecto en el EMBL y lo completó tras trasladarse al CRG, desarrollando el programa SVAN, que caracteriza cada cambio en el ADN con etiquetas como ‘pieza extra copiada’ o ‘trozo eliminado’.
El programa descubrió que más de la mitad de la diversidad hallada se encuentra en tramos altamente repetitivos de ADN, con una diversidad genética rica e incluyendo elementos móviles que pueden copiarse y engancharse al genoma.
SEGUNDO ESTUDIO
El segundo estudio, dirigido por el EMBL y la Universidad Heinrich Heine, utilizó una serie de muestras más pequeña, de 65 personas, pero combinó diversos métodos de secuenciación para reconstruir los genomas humanos con detalle.
Este enfoque ayudó al equipo internacional a decodificar los tramos más difíciles de leer, con ensamblajes casi completos y sin espacios de cada cromosoma, lo que permitió identificar grandes variantes genéticas que no se detectaron en el primer estudio ni en otros anteriores.
Los hallazgos muestran que la combinación del enfoque del primer estudio, con muchos genomas secuenciados a profundidad moderada, y el del segundo, con unos pocos genomas secuenciados con gran detalle, es el camino más rápido hacia un mapa completo de la diversidad genética humana.
El coautor principal de ambos estudios y jefe en funciones de EMBL Heidelberg, Jan Korbel, ha considerado que esta combinación «condujo a conclusiones complementarias», mientras que el investigador de la Universidad Heinrich Heine, Tobias Marschall, ha destacado que estas investigaciones han creado un recurso completo y médicamente relevante que puede ser utilizado para comprender mejor los orígenes de la variación genómica.